Chương trình giáo dục tại Trường Mầm Non Hoa Sen - Ba Đình được xây dựng theo khung của Bộ Giáo dục, thiết kế đa dạng nhằm phát triển toàn diện các lĩnh vực nhận thức, ngôn ngữ, thể chất, thẩm mỹ, kỹ năng xã hội. Song song với nội dung chính khóa, nhà trường tích hợp các phương pháp giáo dục sớm hiện đại như STEAM, Montessori, Reggio Emilia, Glenn Doman,... mang đến hành trình học tập giàu trải nghiệm, khơi dậy trí tò mò tự nhiên, hình thành tư duy độc lập cho trẻ ngay từ những năm đầu đời.
Trẻ đồng thời được làm quen Tiếng Anh vỡ lòng thông qua hoạt động phù hợp lứa tuổi, tạo nền tảng ngoại ngữ tự nhiên trong giai đoạn vàng phát triển, giúp trẻ tiếp nhận ngôn ngữ mới một cách thoải mái, tự tin.
Thời gian sinh hoạt được sắp xếp khoa học theo nhịp phát triển của trẻ mầm non. Nhà trường hoạt động từ Thứ Hai đến Thứ Bảy hằng tuần, từ 7:00 đến 17:30 mỗi ngày, tạo điều kiện thuận lợi cho phụ huynh trong việc đưa đón. Lịch trình trong ngày cân đối giữa học tập, vui chơi, vận động, nghỉ ngơi, duy trì sự hứng thú, ổn định cảm xúc, bảo đảm sức khỏe cho trẻ trong suốt thời gian tại trường.